Главный герой — Хяккимару, юноша без кожи, с механическими протезами. Он путешествует по средневековой Японии, убивая демонов, чтобы вернуть своё тело. Его отец, даймё Кагами, отдал плоть сына 48 демонам ради власти. В пути Хяккимару встречает сироту Дороро — воришку в рваном кимоно. «Ты воняешь кровью», — говорит Дороро, но всё равно идёт с ним. Они спят у костров, едят жареную рыбу с рисовыми лепёшками. В одной деревне на них нападает демон-паук; Хяккимару рубит его мечом, но теряет руку.
В деревне Сиратори живёт 15-летний Дзин. Он ненавидит ниндзя, хотя его отец — бывший синоби. Однажды в дом врывается Тэнгэцу-Ходзёин, убивает отца и похищает сестру Дзина, Нанаси. Дзин отправляется в путь с пожилым ниндзя Сэкибэем. Они находят банду «Красных пауков», где Нанаси держат в клетке. Дзин сражается с Тэнгэцу: «Ты заплатишь за отца!» — кричит он, но проигрывает. Сэкибей жертвует собой, чтобы спасти их. Дзин хоронит старика под вишней и уходит с сестрой, теперь понимая путь ниндзя.
В токийском кафе «Blue Moon» официантка Юки находит в холодильнике маленького инопланетянина. Существо, похожее на пушистый шарик, жует её мороженое. «Ты что, из морозилки вылез?» — шепчет она. Вскоре появляются двое в чёрных костюмах: агенты Кадзуки и Рина. Они хватают пришельца, но он сбегает через вентиляцию. Юки прячет его у себя дома, кормит печеньем. Агенты выслеживают их, устраивают погоню по крышам Сибуи. В финале пришелец открывает портал, машет лапкой и исчезает, оставив Юки лужицу