Синдзи Икари, 14 лет, приезжает в Токио-3 по вызову отца Гэндо. Город пуст, только военные патрулируют улицы. «Садись в робота», — говорит Мисато Кацураги, куря сигарету. Ева-01 рычит, когда Синдзи впервые садится в кабину. Агёль атакует — ломает дома, стреляет лазером. Синдзи кричит, но Ева движется сама, рвет врага на части. Потом госпиталь: «Ты живой?» — спрашивает Рей Аянами, перевязывая руку. В комнате Мисато — пивные банки на полу. Гэндо в тени: «Ты нам нужен». Синдзи молчит, смотрит на
Юги Муто, обычный школьник, собирает пазлы в своей комнате. Внезапно дуэль с Сетом Кайбой на крыше небоскрёба — ставка: душа деда Юги. Кайба вызывает Голубоглазого дракона, но Юги контратакует Тёмным Магом. Позже в музее Шади разыгрывает древний ритуал: оживляет каменные плиты, превращая город в пустыню. Юги и друзья — Джоуи, Тристан, Тэа — бегут по разрушенным улицам. Финал: Юги против Шади. «Ты проиграешь», — шепчет Шади. Но заклинание «Слияние» побеждает. Плиты рассыпаются в пыль.
16 студентов, включая Макото Наэги и Кёко Киригири, заперты в Академии будущего. Моноокума снова управляет игрой: убийство = свобода. Первая жертва — Чисато Юкидзава, её находят в библиотеке с ножом в спине. Расследование ведёт Кайто Момота, но улики противоречивы. — "Ты вообще смотрел записи с камер?" — шипит Микан Тсумики. На голограмме появляется Дзюнко Эношима, смеётся. Всплывают старые фото: все когда-то были друзьями. Последний труп — Рюта Канаи, отравлен в столовой. Выжившие
Синдзи, Аска и Рей оказываются в заброшенной деревне после Третьего Удара. Жители пытаются восстановить быт: выращивают овощи, чинят дома. Кадзи в роли лидера помогает с организацией. Синдзи копает грядки, избегая разговоров. "Ты всё ещё бежишь?" — бросает ему Аска. Тем временем WILLE во главе с Мисато атакует Нерва. Гэндо и Фуюцуки запускают Дополнительный Удар. Рей Q сливается с Евой-13, Синдзи вмешивается в последний момент. В финале он выбирает новый мир без Евангелионов, прощаясь
В храме Ицукусима живёт юная жрица Хару. Она ухаживает за священным оленем, подметает каменные ступени, но мечтает о большем. Однажды появляется бог Идатэн — высокий, с красными глазами, в потрёпанной одежде. «Ты что, настоящий?» — шепчет Хару. Он хмурится: «Кормить будешь?» Теперь он таскает её на спине по крышам, ворует сладости у монахов, учит летать. «Не бойся!» — кричит Идатэн, а Хару вцепляется в его рукав. В городе тем временем назревает конфликт: люди забыли богов.
Юта Оккоцу, студент колледжа, носит очки и постоянно слышит голоса проклятий. В токийском кафе он встречает Сатору Годзё, который предлагает ему стать экзорцистом. Юта соглашается и попадает в школу дзюцу, где знакомится с Мики, Пиком и Тодзё. Они тренируются в заброшенном храме, уничтожая проклятия. Рика, дух-проклятие, привязанный к Юте, защищает его в боях. В финале Юта жертвует собой, чтобы остановить проклятие Сугуру. Годзё говорит: «Ты сильнее, чем думаешь».
Юити Ханада — обычный школьник, живущий в тихом японском городке. Утром он опаздывает на уроки, жуя тост на бегу. После школы заходит в магазинчик, покупает сок, сталкивается с одноклассницей Нацуми. Она роняет учебники, он помогает собрать. Дома Юичи включает радио, делает уроки под шум дождя за окном. Вечером звонит друг Кота: «Идёшь завтра на фестиваль?» Мама кричит с кухни: «Ужин готов!» Юичи мечтательно смотрит на звёзды, думая о Нацуми.
Кейчи, бывший якудза, работает в маленькой закусочной в Осаке. Его находит старый знакомый, Такуми, и сообщает: «Твой брат в долгах у клана Мибуро». Кейчи возвращается в токийские задворки, где всё ещё пахнет жареным угрём и выхлопами. Он договаривается с боссом Мибуро — старик сидит в баре, жуёт кальмар. «Три дня», — бросает тот. Кейчи ищет брата по игровым залам, мясным рынкам. Встречают бандитов у моста. Стреляют. Брат мёртв. Кейчи прячет нож в рукав, идёт к бару.
В 2040 году в Нью-Йорке детектив Росс Сиглиус расследует убийство певицы-андроида. Он встречает Наоми Армитаж, девушку с необычными способностями, которая оказывается андроидом нового поколения. Вместе они выясняют, что убийства связаны с заговором против андроидов третьего типа. Наоми признаётся: «Я не человек, но я хочу жить». Они едут на Марс, где сталкиваются с корпорацией «Генезис», создавшей андроидов. В финале Наоми жертвует собой, чтобы спасти Росса и остановить уничтожение себе
В Токио, 2021 год. Молодой программист Такуя случайно обнаруживает странный сигнал, исходящий из облаков. Вместе с подругой Аей они расшифровывают его: это послание от инопланетян. Сигнал предупреждает о скором вторжении. Такуя и Ая пытаются предупредить власти, но их игнорируют. Вскоре небо над городом заполняется странными объектами. Люди в панике, транспорт парализован. Герои находят убежище в заброшенном складе, где пытаются понять, как остановить захватчиков. "Мы не можем просто