В токийском кафе «Синий кот» Багровый пьёт кофе, когда к нему подсаживается старик с шрамом на щеке. «Ты знаешь, где твой отец?» — хрипит он. Вспышка: детство в деревне, отец в окровавленном фартуке точит нож. Багровый едет на мопеде через промзону, за ним гонятся трое в чёрных плащах. В подвале старой больницы он находит дневник сестры: «Он снова приходил ночью». На мосту старик кричит: «Ты такой же, как он!» Выстрел. Утро. Багровый моет руки в раковине, вода розовая.
В Токио 1945 года Ритсука Фудзимори, обычный школьник, находит древний артефакт. Внезапно его переносит в параллельный мир, где магия — обычное дело. Встречает Гильгамеша, который грубо говорит: «Ты здесь лишний». Рядом — рыжеволосая девушка Ольга, воюющая с механическими драконами. Они скрываются в разрушенном храме, где Ритсука узнаёт о «Великом приказе» — заклинании, способном изменить реальность. Ольга хрипло шепчет: «Если не мы, то кто?» На них нападают тени, город рушится. Гильгамеш
Доктор Сид и его помощница Аки Росс пытаются остановить фантомов, угрожающих Земле. Они разрабатывают барьер, но энергии не хватает. Капитан Грей Эдвардс и его команда, включая пилота Райана Уитакера, отправляются на космическую станцию «Игла» для активации системы. По пути сталкиваются с фантомами. На станции Грей встречает призрак погибшей подруги Джейн. Аки жертвует собой, чтобы запустить барьер. Грей возвращается на Землю, где Сид сообщает: «Она жива, но в коме».
В Фуюки, 2004 год. Широ Эмия, сирота, находит раненого мага Кирцугу. "Почему ты спас меня?" — спрашивает он. Кирцугу молчит, но берет его под опеку. В доме Эмия пахнет пылью и старыми книгами. Широ учится магии, чинит сломанные вещи. Рин Тосака, одноклассница, замечает его странности: "Ты всегда такой упрямый?" На улицах появляются слуги — Сабер в доспехах, Лансер с красным копьем. Битвы вспыхивают у школы, в парке. Широ мечтает стать героем, но Кирцугу предупреждает:
В 2045 году Макс Дженниус, бывший пилот, живёт на планете Сити-7 с женой Милией и дочерью Коммилой. Он работает механиком, но скучает по полётам. Внезапно на планету нападают неизвестные корабли. Макс возвращается в кабину истребителя VF-11 Thunderbolt. Его друг Гамелин кричит: «Макс, ты точно ещё можешь летать!» В бою Макс встречает загадочную певицу Эмилию, чья музыка странным образом влияет на врагов. В финале он понимает: её песни — ключ к победе.
В 2040 году в Нью-Йорке детектив Росс Сиглиус расследует убийство певицы-андроида. Он встречает Наоми Армитаж, девушку с необычными способностями, которая оказывается андроидом нового поколения. Вместе они выясняют, что убийства связаны с заговором против андроидов третьего типа. Наоми признаётся: «Я не человек, но я хочу жить». Они едут на Марс, где сталкиваются с корпорацией «Генезис», создавшей андроидов. В финале Наоми жертвует собой, чтобы спасти Росса и остановить уничтожение себе
В небольшом японском городке старшеклассница Аяко находит старинный медальон. Ее друг, Такуя, замечает странные символы на нем. Ночью Аяко слышит голос: "Ты избрана". Внезапно она переносится в параллельный мир, где встречает воина Рэйдзи. Он объясняет: медальон — ключ к вратам между мирами. Враг, демон Куро, охотится за ним. Аяко и Рэйдзи сражаются с теневыми созданиями. "Почему я?" — спрашивает она. "Судьба", — отвечает он. В финале Куро появляется в реальном
Юкио, студент-медик, приезжает в родной город после смерти отца. В доме — мать Сатико и младшая сестра Аки. В комнате отца находит старые фото: отец и Аки в парке, странно близко. — Это что? — тычет в снимок. — Не твоё дело, — бледнеет Сатико. Ночью слышит шум: Аки в ванной, моет окровавленные руки. — Опять? — шепчет мать. Юкио роется в бумагах — справка о беременности 15-летней Аки. Подпись отца. — Ты знал? — кричит Сатико. Аки стоит на крыше: — Он говорил, что любит...