Юки, 14 лет, живёт в маленьком городке у подножия гор. Её отец — лесник, мать умерла. Однажды Юки находит в лесу раненого волчонка, называет его Акира и прячет в сарае. «Ты не должен шуметь, иначе нас раскроют», — шепчет она. В школе над ней смеются: «Опять пахнет зверем!» Тем временем в округе пропадают животные. Юки подозревает браконьеров. Ночью она выслеживает мужчину с ружьём, но это оказывается её отец. «Я защищаю тебя от них», — говорит он, указывая на следы огромных когтей.
Юта, 11 лет, приезжает в приморский городок к деду. В старом маяке он находит Лу — странную девочку с синей кожей. Она боится людей, ест только рыбу и умеет управлять водой. «Ты не скажешь про меня?» — шепчет она. Они дружат: рисуют мелом на асфальте, собирают ракушки. Но городские власти хотят снести маяк. Лу исчезает, когда её фотографируют. Юта узнаёт: она дух моря, и если люди увидят её — она растает, как пена.
В 2048 году человечество эвакуируется с Земли, захваченной Годзиллой. Главные герои — капитан Харато, биолог Юко Тани, инженер Мартин Лаззари. Их корабль терпит крушение на планете, где время течёт быстрее. Через 20 лет (для них — 2 года) они возвращаются. Земля теперь пустыня с гигантскими насекомыми и новым видом — людьми-мутантами. Харато хочет убить Годзиллу, но выясняется: монстр — часть экосистемы. "Он не враг, он баланс", — говорит вождь мутантов. Корабль взлетает, оставляя