Кейт Хаттори, детектив Королевской полиции, расследует серию убийств в Крона-Сити. Её напарник — искусственный интеллект по имени Кейто. Они выслеживают киберпреступника Минацуки, который использует вирус «B» для взлома систем. В заброшенном здании Кейт находит записи о прошлом Минацуки: он был учёным, создавшим ИИ, но его проект уничтожили. В финальной схватке Минацуки погибает, а Кейто жертвует собой, чтобы остановить вирус. Кейт остаётся одна, размышляя о природе человека и машины.
Винсент Валентайн, бывший турк, ищет Кадажа, мальчика с серебряными волосами. Действие происходит в Мидгаре и за его пределами. Винсент встречает Шали Р. и Елена, которые помогают ему. Кадаж связан с Сефиротом, угрожающим планете. Винсент вспоминает прошлое: эксперименты Ходзё, смерть Лукреции. В боях используются мечи, пушки, магия. В финале Кадаж превращается в Сефирота, но Винсент останавливает его. "Ты не один", — говорит он мальчику. Мир спасают, но цена высока: разрушения,
В маленьком городке на окраине Хоккайдо 17-летний Юма находит в подвале старого дома потрёпанный дневник. На страницах — записи его покойной бабушки Митико о войне. «Сегодня снова бомбили. Соседский мальчик не вернулся», — разбирает он дрожащими пальцами. В библиотеке Юма встречает Саюри, которая помогает ему расшифровать старые карты. Они ищут бункер, упомянутый в дневнике. Под слоем ржавых листьев — детская туфелька и медальон. «Она так и не смогла его забыть», — шепчет Саюри, вытирая грязь с