Эдвард и Альфонс Элрики снова втянуты в хаос. На этот раз в Ишваре появляется загадочный алхимик по прозвищу Шрам, мстящий за геноцид своего народа. Он убивает государственных алхимиков, оставляя на их телах символы кровавого круга. Майз Хьюз копается в архивах, натыкаясь на засекреченные документы: «Проект Очищение… 1911 год…». Рой Мустанг, потягивая кофе, приказывает своей команде: «Найдите его до того, как он доберется до Фюрера». Винри Рокбелл чинит автомейл Эда, ворча: «Опять сломал? Ты
В токийском кафе "Сакура" официантка Аяко находит старую книгу с картой. Ее друг, археолог Хироши, узнает в ней путь к легендарному Золотому божеству. Вместе с младшим братом Аяко, Такуми, они отправляются в горы Сикоку. По пути встречают странного проводника, Юдзи, который знает больше, чем говорит. В пещере находят древний алтарь, но внезапно земля трясется. "Это не просто землетрясение", — шепчет Юдзи. Аяко замечает странный символ на стене: он совпадает с ее детским
В Токио, 17-летний Юма, студент колледжа, случайно находит старый радиоприемник. Включив его, он слышит голос девушки по имени Айри, которая утверждает, что говорит из 1999 года. Они начинают общаться: Айри рассказывает о своей жизни в маленьком городке Сиракава, где она работает в кафе у тети. Юма помогает ей с домашним заданием по математике, а она делится рецептами. Однажды сигнал пропадает. Юма едет в Сиракаву, находит заброшенное кафе и фотографию Айри с датой: "1999".
Эдвард и Альфонс Элрики продолжают поиски Философского камня, чтобы вернуть свои тела. Действие разворачивается в Аместрисе, Лиоре и Бриггсе. Эдвард сражается с гомункулами, раскрывая их связь с отцом Хоэнхаймом. Винри Рокбелл чинит автомайл Эда, ворча: "Опять сломал?!" Альфонс вспоминает детали прошлого, общаясь с духами Врат. Рой Мустанг планирует переворот против фюрера Брэдли. В финале братья сталкиваются с Истиной, жертвуя алхимией ради восстановления тел. Диалоги короткие,