Кейт Хаттори, детектив Королевской полиции, расследует серию убийств в Крона-Сити. Её напарник — искусственный интеллект по имени Кейто. Они выслеживают киберпреступника Минацуки, который использует вирус «B» для взлома систем. В заброшенном здании Кейт находит записи о прошлом Минацуки: он был учёным, создавшим ИИ, но его проект уничтожили. В финальной схватке Минацуки погибает, а Кейто жертвует собой, чтобы остановить вирус. Кейт остаётся одна, размышляя о природе человека и машины.
Юки, 12 лет, переезжает с отцом в старый плавучий дом на озере после смерти матери. Дом скрипит, пахнет рыбой и сыростью. Соседка-старуха, тётя Мики, приносит им солёные огурцы. Юки находит в чулане потрёпанный дневник матери — там загадочные записи про «остров теней». Отец запрещает туда ходить, но Юки сбегает ночью на лодке. На острове она встречает призрака — мальчика Харуто, который знал её мать. «Она обещала вернуться», — говорит он. Вместе они ищут разгадку в полузатопленных руинах храма.
В Токио, 2021 год. Молодой программист Такуя случайно обнаруживает странный сигнал, исходящий из облаков. Вместе с подругой Аей они расшифровывают его: это послание от инопланетян. Сигнал предупреждает о скором вторжении. Такуя и Ая пытаются предупредить власти, но их игнорируют. Вскоре небо над городом заполняется странными объектами. Люди в панике, транспорт парализован. Герои находят убежище в заброшенном складе, где пытаются понять, как остановить захватчиков. "Мы не можем просто
В маленьком городке на окраине Хоккайдо 17-летний Юма находит в подвале старого дома потрёпанный дневник. На страницах — записи его покойной бабушки Митико о войне. «Сегодня снова бомбили. Соседский мальчик не вернулся», — разбирает он дрожащими пальцами. В библиотеке Юма встречает Саюри, которая помогает ему расшифровать старые карты. Они ищут бункер, упомянутый в дневнике. Под слоем ржавых листьев — детская туфелька и медальон. «Она так и не смогла его забыть», — шепчет Саюри, вытирая грязь с