В Токио, 1990-е. Юноша Хэй, потерявший память, встречает девушку-призрака Юири. Вместе они ищут её убийцу. Хэй вспоминает, что был киллером в организации "Сад", где его напарница Оруха убила Юири. Оруха предаёт Хэя, ранит его. Он сбегает, но позже возвращается в "Сад", чтобы отомстить. В финале Хэй убивает Оруху, но сам погибает. Юири исчезает, обретя покой. На улицах Токио остаются только следы их борьбы: пули, кровь и тишина.
В токийском кафе Ая, 28 лет, встречает Рёта, инженера-робототехника. Он показывает ей робота с искусственным сердцем, созданного для помощи пожилым. Ая, работающая в хосписе, рассказывает о своей бабушке, которая боится одиночества. Рёта предлагает протестировать робота у неё дома. Бабушка сначала скептична, но постепенно привыкает к механическому помощнику. Однажды робот ломается. Рёта чинит его, а Ая признаётся: «Он стал как член семьи». В финале бабушка говорит: «Даже у машин есть душа».
Винсент Валентайн, бывший турк, ищет Кадажа, мальчика с серебряными волосами. Действие происходит в Мидгаре и за его пределами. Винсент встречает Шали Р. и Елена, которые помогают ему. Кадаж связан с Сефиротом, угрожающим планете. Винсент вспоминает прошлое: эксперименты Ходзё, смерть Лукреции. В боях используются мечи, пушки, магия. В финале Кадаж превращается в Сефирота, но Винсент останавливает его. "Ты не один", — говорит он мальчику. Мир спасают, но цена высока: разрушения,