Томас Андерсон (Киану Ривз) снова живёт в Сан-Франциско, разрабатывает игры. Его мучают сны о Нео и Тринити (Кэрри-Энн Мосс). В кафе он встречает Тиффани — её лицо знакомо. Буг (Джессика Хенвик) находит его, говорит: «Тебя ищут». Агенты в чёрном преследуют. Морфеус (Яхья Абдул-Матин II) предлагает синюю таблетку. Нео возвращается в Матрицу, но всё изменилось — новые правила, люди-зомби. Тринити не помнит его. Они бегут через переполненный метрополитен, пули свистят над головами. «Мы спасём её»,
Джейк, бывший агент ЦРУ, скрывается в глухом мотеле под именем Том. Его находит Лиза — коллега, которую он считал погибшей. «Ты знаешь слишком много», — бросает она, протягивая пистолет. Они бегут через заброшенный склад в Чикаго, преследуемые наёмниками. В старом гараже Джейк находит жёсткий диск с данными о коррупции в Сенате. «Это не мы их убьём, а они нас», — шепчет Лиза, перевязывая ему рану. Поезд на Нью-Йорк отправляется через 17 минут.
Макс, 32 года, курьер, получает заказ доставить пакет в старый район города. Время — 17:30. На часах — 18:00. «Доставь до шести, иначе всё пропало», — голос в трубке. По пути он замечает, что за ним следит черный седан. На светофоре Макс сворачивает в переулок, бросает велосипед и бежит через дворы. В пакете — ключ от сейфа с компроматом на мэра. В 17:55 он добирается до адреса, но дверь заперта. «Откройте!» — стучит он. Из-за угла выходят двое в черном.