В Токио, 1960-е. Молодой вор Синъитиро Кудо крадёт антикварную шкатулку из дома коллекционера. Внутри — письмо от его покойного отца: «Ищи в старом кафе «Луна».» За Синъитиро гонится якудза Тацуя с ножом: «Отдай, или твоя сестра пострадает.» В кафе Синъитиро находит карту с отметкой в порту. Ночью он пробирается на склад, но там уже полиция. Детектив Накамура хватает его за руку: «Конец игры.» Синъитиро выкручивается, прыгает в грузовик с рыбой. Сестра ждёт его на перроне, билеты в Осаку в
Кэнсин Химура, бывший убийца, скитается по Японии эпохи Мэйдзи, нося обратный меч. В деревне Камия он знакомится с Каору, хозяйкой додзё, и её приёмным сыном Яхико. Местный торговец опиумом Тани Дзюнъити нанимает бывшего самурая Удзу Дзинию убить Кэнсина. После стычки в додзё Кэнсин ранит Дзинию, но тот клянётся отомстить. Позже банда Тани похищает Каору. Кэнсин пробивается через их людей, спасает её и убивает Дзинию в финальном поединке у горящей мельницы.
Кейт Хаттори, детектив Королевской полиции, расследует серию убийств в Крона-Сити. Её напарник — искусственный интеллект по имени Кейто. Они выслеживают киберпреступника Минацуки, который использует вирус «B» для взлома систем. В заброшенном здании Кейт находит записи о прошлом Минацуки: он был учёным, создавшим ИИ, но его проект уничтожили. В финальной схватке Минацуки погибает, а Кейто жертвует собой, чтобы остановить вирус. Кейт остаётся одна, размышляя о природе человека и машины.